Passaram-se dez anos desde o término do Bakumatsu, um período de guerra que testemunhou a revolta dos cidadãos contra o xogunato Tokugawa. Os revolucionários almejavam criar uma era de paz e um país próspero, livres da opressão. Embora a nova era de Meiji tenha chegado, a paz ainda não foi conquistada. Embora as espadas estejam proibidas, as ruas ainda são palco de assassinatos. Órfãos de veteranos de guerra se veem sem ter para onde ir, enquanto o governo parece satisfeito em encher os próprios bolsos de dinheiro. Kenshin Himura, um samurai errante, continua trabalhando para assegurar que os valores pelos quais lutou valham as vidas sacrificadas para trazer a nova era. Conhecido como Hitokiri Battousai, ele era temido como o assassino mais implacável entre os revolucionários. Agora, assombrado pela culpa, Kenshin jurou nunca mais matar, buscando expiação pelas vidas que tirou, talvez nunca encontrando a paz até que a morte seja deixada no passado. No décimo primeiro ano da era Meiji, Kenshin cruza o caminho de Kaoru Kamiya, proprietária e mestra de um pequeno dojo que enfrenta a ameaça de fechar as portas. A força policial se mostra impotente diante de uma série de assassinatos cometidos em nome do dojo por um homem que se autodenomina o famoso Battousai. As jornadas de Kenshin são momentaneamente interrompidas enquanto ele se une a Kaoru na missão de limpar o nome de ambos.