A trama de Jijou wo Shiranai Tenkousei ga Guigui Kuru segue a história de uma menina solitária e sombria que se torna alvo de bullying e provocações implacáveis dos seus colegas de escola. No entanto, a chegada de um novo aluno na escola começa a mudar as coisas, conforme ele começa a se aproximar dela e a tentar entender os motivos por trás de sua solidão e comportamento estranho. A história aborda questões como bullying, isolamento e amizade, enquanto os personagens desenvolvem um vínculo especial e descobrem a importância de se apoiarem uns aos outros.